Η περιοχή που σήμερα ονομάζουμε Καλαμαριά έχει πανάρχαια ιστορία. Η ζωή εδώ άνθισε πριν ιδρυθεί η Θεσσαλονίκη από τον Κάσσανδρο, το 315 π.Χ. Συγκεκριμένα, στο ακρωτήριο της Καλαμαριάς, το Καραμπουρνάκι (Μικρό Έμβολο), οι αρχαιολογικές ανασκαφές και έρευνες επιβεβαίωσαν την ύπαρξη ενός προϊστορικού οικισμού. Αυτός γνώρισε μεγάλη ακμή τον 5ο π.Χ. αιώνα, αφού από τα ευρήματα αποδείχθηκε η επικοινωνία του με τον Μυκηναϊκό πολιτισμό, την Αττική, την Ιωνία και τα νησιά του Αιγαίου. Σήμερα οι αρχαιολόγοι εκτιμούν ότι το Καραμπουρνάκι ταυτίζεται με την Αλία Θέρμη δηλαδή το εμπορικό λιμάνι της αρχαίας Θέρμης. Επίσης, ιδιαίτερο αρχαιολογικό ενδιαφέρον παρουσιάζει και το υποθαλάσσιο τείχος κατά μήκος της ακτής στο Καραμπουρνάκι.
Το τοπωνύμιο Καλαμαριά πρωτοεμφανίζεται το 1083 σε έγγραφο της Μονής Ξενοφώντος του Αγίου Όρους και αναφέρεται στη νοτιοανατολική πλευρά της Θεσσαλονίκης. Αυτή η ονομασία πιθανόν να προήλθε από παράφραση του όρου «Καλή μεριά», εξαιτίας της πλούσιας βλάστησης, των εύφορων αγρών, των πολλών καρποφόρων δέντρων, των αμπελώνων και των λουλουδιών που είχε τότε. Μια άλλη εκδοχή υποστηρίζει ότι το όνομα είναι παράγωγο των λέξεων «Σκάλα – μεριά». Σκάλα ήταν ο Βυζαντινός ναύσταθμος, που υπήρχε στην περιοχή του Μικρού Εμβόλου και προστάτευε την είσοδο του Θερμαϊκού κόλπου από τις επιδρομές των Αράβων πειρατών, μέχρι τον 10ο αιώνα. Μεταξύ των ετών 904 και 1083, η διοικητική διαίρεση των Βυζαντινών, καθόριζε τη νοτιοανατολική περιοχή της Θεσσαλονίκης ως Βάνδον και αργότερα, το 1300, ως Καπετανίκειον Καλαμαριάς. Για τον λόγο αυτό η Κασσανδρειώτικη Πύλη που οδηγεί από τη Θεσσαλονίκη προς τη Χαλκιδική, μετονομάστηκε σε Πύλη της Καλαμαριάς, ονομασία που διατηρεί έως τις αρχές του 20ου αιώνα. Στα εκτεταμένα όρια του Καπετανικείου, εκτός από τη γεωργική παραγωγή, ακμάζουν επίσης τα μοναστήρια και τα δεκατρία ονομαστά μετόχια αυτών.
Στη μεγαλύτερη έκταση της σημερινής Καλαμαριάς όπως κέντρο Καλαμαριάς, Αρετσού, Καραμπουρνάκι, Βυζάντιο, Βότση, Φοίνικα, αλλά και πιο πέρα μέχρι τη Σχολή Πολέμου, οι σύμμαχοί μας αγγλογάλλοι δημιούργησαν διάφορες εγκαταστάσεις, για τις ανάγκες του Μακεδονικού Μετώπου κατά των Κεντρικών Δυνάμεων, στη διάρκεια του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου (1915-1918). Αεροδρόμια, στρατόπεδα, αποθήκες ανεφοδιασμού, νοσοκομεία, απολυμαντήριο, ακόμη και κοιμητήριο. Επίσης, κατασκεύασαν σιδηροδρομική γραμμή για μεταφορά πολεμοφοδίων από το λιμάνι της Θεσσαλονίκης μέχρι την περιοχή της Σχολής Πολέμου. Διέσχιζε την ανατολική Θεσσαλονίκη περνώντας περίπου παράλληλα της Παπαναστασίου, από τη Χαριλάου και τις παρυφές του Βότση και του Φοίνικα.
Στο υπόλοιπο τμήμα της η Καλαμαριά ήταν ακατοίκητη μέχρι το 1920. Τότε ήρθαν με ατμόπλοια εδώ οι πρώτοι Έλληνες πρόσφυγες από τον Καύκασο και τη Ρωσία. Η Πρόνοια χρησιμοποίησε όλους τους κενούς πλέον θαλάμους για την προσωρινή εγκατάσταση αυτών. Μετά τη Μικρασιατική καταστροφή του 1922 και την υποχρεωτική Ανταλλαγή των Πληθυσμών με τη συνθήκη της Λοζάνης του 1923, πολύ περισσότερα κύματα εξαντλημένων προσφύγων υποδέχθηκε εδώ η Καλαμαριά. Η τραγωδία της Μικρασιατικής καταστροφής δικαιολογημένα θεωρείται από τους ιστορικούς ως η μεγαλύτερη καταστροφή για τον Ελληνισμό, μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης το 1453. Περίπου 1.250.000 Έλληνες αναγκάστηκαν να φύγουν από τον Πόντο, τη Μικρά Ασία και την Ανατ. Θράκη για να έρθουν στην Ελλάδα ως πρόσφυγες. Σύμφωνα με την απογραφή του 1928, το 1/4 των προσφύγων (κυρίως αστοί) εγκαταστάθηκαν στη Νότια Ελλάδα και τα 3/4 (κυρίως αγρότες) στη Βόρεια Ελλάδα. Από αυτούς περίπου 117.000 εγκαταστάθηκαν στη Θεσσαλονίκη την οποία δίκαια ο συγγραφέας Γ. Ιωάννου αποκαλεί "Πρωτεύουσα των προσφύγων". Το μεγαλύτερο μέρος αυτών εγκαταστάθηκε στην Καλαμαριά η οποία έγινε ο πολυπληθέστερος προσφυγικός συνοικισμός, μια πραγματική προσφυγομάνα. Αξίζει να σημειωθεί ότι η Μακεδονία είχε μόλις πριν 10 χρόνια απελευθερωθεί, ύστερα από 460 χρόνια Οθωμανικής κατοχής.
Οι πρόσφυγες της Καλαμαριάς, με επικρατέστερο το Ποντιακό στοιχείο, είχαν να αντιμετωπίσουν την πείνα, τις στερήσεις, την ανεργία αλλά και τις αρρώστιες - κυρίως ελονοσία και τύφο - που μαζί με τις κακουχίες τους θέριζαν. Η δυσκολία της προσαρμογής στην καινούργια πατρίδα ήταν μεγάλη. Όμως ακόμη μεγαλύτερο ήταν το πείσμα τους, η δύναμη και το πάθος για ένα καινούργιο ξεκίνημα, μια νέα ζωή. Μετά από διαμονή τους πρώτους μήνες σε σκηνές και στη συνέχεια σε συμμαχικούς στρατιωτικούς θαλάμους, από το 1926 ξεκινά η διανομή των οικοπέδων και η κατασκευή των πρώτων σπιτιών, τα περισσότερα παράγκες στην αρχή, με τη βοήθεια της Επιτροπής Αποκατάστασης Προσφύγων και της Κοινωνικής Πρόνοιας. Οργάνωσαν σωματεία και συλλόγους για να διατηρήσουν ακμαίο το ηθικό τους και να διαφυλάξουν τα ιερά και τα όσια από τις αλησμόνητες πατρίδες τους. Έτσι, το 1925 επανίδρυσαν το αρχαιότερο Ελληνικό - Ποντιακό σωματείο (ιδρύθηκε το 1869 στην Τραπεζούντα), την "Αδελφότητα Κρωμναίων", αλλά και τον Μουσικογυμναστικό Σύλλογο "Απόλλων".
Την προσπάθεια ανασυγκρότησης και ανάπτυξης διακόπτει λίγα χρόνια μετά ο Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος. Έτσι, στη αρχή της γερμανο-ιταλικής κατοχής (1941-42) η Καλαμαριά πληρώνει τον δικό της φόρο αίματος με συνολικά 32 νεκρά παλικάρια της. Επειδή βρισκόταν κοντά στον στρατιωτικό στόχο του αεροδρομίου της Μίκρας, αμέσως μετά τον Φοίνικα, δεχόταν συχνά βομβαρδισμούς. Επιπλέον, οι Καλαμαριώτες πήραν ενεργό μέρος στην Εθνική Αντίσταση (1941-44) έχοντας περισσότερα από 30 θύματα, τα 11 από αυτά στο γνωστό μπλόκο της 13ης Αυγούστου 1944, το οποίο έγινε τραγούδι από τον Βασίλη Τσιτσάνη.
Η Καλαμαριά ιδρύθηκε το 1922 ως οικισμός του Δήμου Θεσσαλονίκης. Την 1/1/1943 έγινε Δήμος με έκταση 6,5 km2 και πληθυσμό 10.500 κατοίκους. Σήμερα έχει έκταση 7,2 km2 και πληθυσμό που ξεπερνά τους 110.000 κατοίκους (91.300 στην απογραφή του 2011). Είναι κτισμένη στην ανατολική ακτή του Θερμαϊκού Κόλπου και η παραλία της έχει μήκος 4,5 km.
Πρώτος διορισμένος Δήμαρχος από το Υπουργείο Εσωτερικών, με 7 συμβούλους, ήταν ο Δημήτρης Παυλίδης, έμπορος στο επάγγελμα. Πρώτος εκλεγμένος Δήμαρχος υπήρξε ο Σταύρος Καρατζάς, συνταξιούχος αξιωματικός χωροφυλακής, με 15 συμβούλους (1951).
Το Δημαρχείο λειτούργησε σε μισθωμένα οικήματα στην Ξενοφώντος μέχρι το 1967 και στην Πασαλίδη μέχρι τον Μάιο του 1985. Την περίοδο 1985-1997 λειτούργησε σε ιδιόκτητο κτίριο στην Μεταμορφώσεως. Στην πρώτη πανηγυρική συνεδρίαση του Δημοτικού Συμβουλίου έγινε η ονοματοθεσία του κέντρου της Καλαμαριάς σε «Τραπεζούντα» και του Α΄ Γυμνασίου της σε «Φροντιστήριο Τραπεζούντας». Εξαιτίας της αύξησης των δραστηριοτήτων του Δήμου, αναπαλαιώθηκε το πρώτο Δημοτικό Σχολείο Καλαμαριάς δίπλα από τη Μητρόπολη, το οποίο λειτουργεί από το 1997 ως δεύτερο Δημαρχείο περιλαμβάνοντας το γραφείο του Δημάρχου, καθώς και διοικητικές και οικονομικές υπηρεσίες. Στο τρίτο δημοτικό κτίριο της Πλατείας Σκρα, γίνονται από το 1996 οι συνεδριάσεις του Δημοτικού Συμβουλίου και άλλες εκδηλώσεις, ενώ τα τελευταία χρόνια σ’ αυτό το κτίριο λειτουργούν τα τμήματα χορού, το 2ο Κ.Ε.Π. του Δήμου και το Κέντρο Ελληνικής Γλώσσας.
Το 1974 ιδρύθηκε η Ιερά Μητρόπολη Νέας Κρήνης και Καλαμαριάς με Μητροπολιτικό Ναό τη Μεταμόρφωση του Σωτήρος. Στα όρια του Δήμου υπάρχουν 10 ναοί και 9 παρεκκλήσια.
Στην Καλαμαριά λειτουργούν 10 βρεφικοί και παιδικοί σταθμοί, 20 νηπιαγωγεία, 18 δημοτικά σχολεία, 9 γυμνάσια και 9 λύκεια με σύνολο νηπίων και μαθητών περίπου 7.500. Επίσης, λειτουργούν έξι βιβλιοθήκες (οι πέντε παιδικές), δύο φοιτητικές εστίες στη Νέα Κρήνη, μέρος του τμήματος Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος του Α.Π.Θ. στον Φοίνικα και δύο μετεωρολογικοί σταθμοί σε συνεργασία με το Α.Π.Θ. Ένα κέντρο δια βίου μάθησης, το Ανοιχτό Πανεπιστήμιο και η θερινή δημιουργική απασχόληση θεωρούνται από τις σημαντικότερες προσφορές του Δήμου προς τους πολίτες. Επίσης, λειτουργούν δύο Ν.Π.Δ.Δ., το Ιστορικό Αρχείο Προσφυγικού Ελληνισμού και το Μουσείο Φωτογραφίας «Καλεμκερής», καθώς και δύο Σχολικές Επιτροπές (Α΄/βάθμιας και Β΄/βάθμιας Εκπαίδευσης). Ακόμη, η Δημοτική Εμπορική Τουριστική Επιχείρηση Καλαμαριάς Α.Ε. και η Κοινωφελής Επιχείρηση Δήμου Καλαμαριάς με εκτεταμένο πρόγραμμα παροχών σε ηλικιωμένους και ανήμπορους συνδημότες, όπως κέντρο σίτισης απόρων, γραφεία κοινωνικής φροντίδας, βοήθειας στο σπίτι και εξυπηρέτησης Α.μ.Ε.Α., κοινωνικό φαρμακείο και παντοπωλείο κ.ά. Επίσης, έξι Κέντρα Ανοιχτής Προστασίας Ηλικιωμένων (Κ.Α.Π.Η.). Το Τμήμα Πολιτισμού του Δήμου λειτουργεί καλλιτεχνικά σύνολα, στα οποία οι πολίτες συμμετέχουν δωρεάν (Φιλαρμονική Ορχήστρα, Μπαντίνα, δύο Χορωδίες, Παιδική Χορωδία, Εργαστήρι Θεατρικής Δημιουργίας και Χορού). Ακόμη, στον Δήμο λειτουργούν δύο Κέντρα Εξυπηρέτησης Πολιτών (Κ.Ε.Π.), το νοσοκομείο Άγιος Παύλος με 210 ανεπτυγμένες κλίνες έναντι των προβλεπόμενων 400 οργανικών κλινών, ένα υποκατάστημα του Ε.Ο.Π.Υ.Υ. στο Βότση, 2 ιατρεία Π.Ε.Δ.Υ., ένα Δημοτικό Ιατρείο, ένα Κέντρο Ειδικής Αγωγής και ένα Κέντρο Πρόληψης Εξαρτησιογόνων Ουσιών. Επίσης, 6 κλειστά γυμναστήρια, 7 γήπεδα ποδοσφαίρου, 12 μπάσκετ-βόλεϊ, 5 τένις, 2 γκολφ, 2 ιππικών αγώνων, 3 ναυταθλητικές εγκαταστάσεις, ένα κολυμβητήριο και μία μαρίνα. Τέλος, 72 αθλητικά και πολιτιστικά σωματεία δραστηριοποιούνται στην Καλαμαριά.
Δύο αστυνομικά τμήματα, το ΙΑ΄ και το Α΄ (μερικώς), ένα λιμενικό φυλάκιο, μία δημόσια οικονομική υπηρεσία (Δ.Ο.Υ.), ένα υποθηκοφυλακείο, ένα υποκατάστημα του Ο.Τ.Ε., ένα υποκατάστημα της Δ.Ε.Η., ένα συνεργείο της Ε.Υ.Α.Θ., 3 υποκαταστήματα των ΕΛ.ΤΑ., 21 υποκαταστήματα τραπεζών και ένα υποκατάστημα της Ε.Λ.Π.Α. Οι κάτοικοι της Καλαμαριάς εξυπηρετούνται από 9 διαδρομές λεωφορείων του Ο.Α.Σ.Θ. από τις οποίες οι 4 τερματίζουν εντός των ορίων του Δήμου.
Ακόμη, στην Καλαμαριά υπάρχουν ένα ξενοδοχείο, το κυβερνείο (παλατάκι) με ένα ελικοδρόμιο, το Κέντρο Διεθνούς και Ευρωπαϊκού Δικαίου, καθώς και η Φιλοζωική Εταιρία στον Φοίνικα. Επίσης, ο Δήμος Καλαμαριάς με άλλους δέκα τέως Δήμους της Ανατ. Θεσσαλονίκης από το 2005 λειτουργεί στα Βασιλικά χώρο περίθαλψης αδέσποτων ζώων μέσω του ΣΥ.Π.Π.Α.Ζ.Α.Θ. (Σύνδεσμος Περισυλλογής Περίθαλψης Αδέσποτων Ζώων Ανατολικής Θεσσαλονίκης).
Οι κάτοικοι απασχολούνται σε υπηρεσίες εξυπηρέτησης (55%) και σε βιομηχανικές - βιοτεχνικές - οικοδομικές εργασίες (45%). Η περισσότερη βιομηχανική και βιοτεχνική δραστηριότητα είναι συγκεντρωμένη στις λεωφόρους Εθν. Αντιστάσεως και Αδριανουπόλεως - Ελ. Βενιζέλου. Επίσης, παρατηρείται υψηλή αλιευτική δραστηριότητα στη Νέα Κρήνη και Αρετσού. Χαρακτηριστική είναι η μεγάλη συγκέντρωση καταστημάτων διασκέδασης, κυρίως στην παραλιακή λεωφόρο Πλαστήρα, τα οποία έχουν καθιερώσει την Καλαμαριά ως σημαντικό τόπο αναψυχής των κατοίκων όλου του πολεοδομικού συγκροτήματος Θεσσαλονίκης. Τέλος, λειτουργούν επτά λαϊκές αγορές, οι δύο με βιολογικά προϊόντα, καθώς και μία ιχθυόσκαλα.
Το οδικό δίκτυο, συνολικού μήκους περίπου 130 km, είναι σχεδόν όλο ασφαλτοστρωμένο. Το δίκτυο συλλογής βρόχινων νερών, που είναι υπευθυνότητα της Ε.Υ.Α.Θ., είναι υποτυπώδες. Η Καλαμαριά παρουσιάζει ικανοποιητική έκταση πρασίνου, σε σχέση με την Ελληνική πραγματικότητα. Διαθέτει αρκετές πλατείες και πάρκα, σε πολλά των οποίων υπάρχουν καθιστικά και παιδικές χαρές.